Allen Say wurde 1937 in Yokohama geboren. Sein Vater war Koreaner, der als Waisenjunge bei einer britischen Familie in Shanghai aufwuchs. Seine in Oakland, Kalifornien, geborene Mutter war japanisch-amerikanischer Herkunft, wurde aber nach der High School von ihren Eltern zurück nach Japan gebracht, um dort zu einer anständigen japanischen Dame heranzuwachsen.

Seine Eltern ließen sich scheiden, als Say neun Jahre alt war. Say hatte keinen besonders guten Kontakt zu seinem Vater, da dieser von seinen mäßigen schulischen Leistungen enttäuscht war und seine künstlerischen Ambitionen verurteilte. Seine Schwester blieb bei der Mutter, während Allen zu seiner Großmutter geschickt wurde, um dort eine gute Schule besuchen zu können. Doch das Verhältnis zwischen den beiden war nicht besser, als das zwischen Say und seinem Vater. Deshalb wurde eine Übereinkunft getroffen, die es Say mit gerade einmal zwölf Jahren erlaubte, näher an seiner Schule und von nun an alleine zu leben.

Während dieser Zeit wurde Say Lehrling des von ihm bewunderten Comic-Zeichners Noro Shinpei. Doch als Say 16 Jahre alt wurde und seine Künstlerkarriere gerade beginnen sollte, zog sein Vater mit seiner neuen Familie in die USA und lud Say ein, sich ihm anzuschließen. Zu Says Erschrecken hatte sein Vater ihn an der Harding Militärakademie in Glendora, Kalifornien, angemeldet. Doch als Say beim Rauchen auf seinem Zimmer erwischt wurde, verwiesen sie ihn von der Schule. Nicht wissend, wie es nun weitergehen sollte, besuchte Say zunächst die Citrus Union High School in Azusa. Dort wurde er von seinem Schulleiter ermutigt, sich seine künstlerische Gabe zu Nutze zu machen. Am Wochenende besuchte Say Kunstkurse am Chouinard Art Institute oder belegte Seminare am Art Center College of Design in Los Angeles.

Nach seinem Abschluss kehrte er nach Japan zurück und schwor sich, nie wieder einen Fuß in die USA zu setzen. Trotzdem zog es ihn ein Jahr später wieder nach Amerika, wo er als eine Lehre als Plakatmaler begann. Doch nach Einfällen anderer zu zeichnen interessierte ihn eigentlich nicht, weshalb Say kündigte. Anschließend heiratete er Deirdre Myles. Aus dieser Ehe ging seine Tochter Yuriko hervor. Say zog nach Berkeley, um an der dortigen Universität ein Architekturstudium zu beginnen.

Wegen eines technischen Fehlers wurde Says studentisch bedingte Aussetzung des Militärdienstes widerrufen und er wurde von der Armee eingezogen. Die nächsten beiden Jahre verbrachte er deshalb in Deutschland. Dort wurde ein befehlshabender Offizier auf seine Werke aufmerksam und eine von Says Fotografien wurde in der Zeitung Stars and Stripes veröffentlicht.

Nach seiner Rückkehr in die USA arbeitete Say als Auftragsfotograf und gewann dadurch viele Kontakte zu Kunstdirektoren und Designern, die Say ermutigten, sich als Illustrator selbstständig zu machen. Sein erstes Buch Smith’s Safari wurde 1972 veröffentlicht. Während der nächsten zehn Jahre betätigte Say sich nicht nur als Illustrator, sondern auch als Schriftsteller und Fotograf. 1979 brachte er seinen bisher einzigen Roman The Ink-Keepers Apprentice heraus. Das Buch thematisiert Says Zeit mit Noro Shinpei, während der er sich dazu entschied, Künstler zu werden.

1988 gewann er mit seinen Illustrationen für Dianne Snyders The Boy of the Three-Year Nap den Caldecott Honor Award und den Boston Globe Horn Book Award. Daraufhin gab Say das Fotografieren auf und widmete sich fortan nur dem Schreiben und Illustrieren von Kinderbüchern.

Das Japanese American National Museum richtete im Jahr 2000 eine Retrospektive über Allen Says Arbeiten aus. Unter dem Titel Allen Say’s Journey: The Art and Words of a Children‘s Book Author wurden 55 Originalillustrationen sowie Skizzenbücher und Gegenstände aus Says Leben ausgestellt.

Allen Says Geschichten sind inspiriert von persönlichen Erfahrungen und Erlebnissen, aber auch von japanischen Volksmärchen und kulturellen Besonderheiten des Landes.